La variole a laissé une marque indubitable sur l’histoire humaine, tuant au moins 300 millions de personnes au cours du seul XXe siècle. Malgré sa notoriété, les origines du virus restent encore insaisissables.
Maintenant, une équipe de scientifiques en Italie a repoussé nos meilleures estimations de l’émergence de la variole de 2 000 ans supplémentaires, vérifiant les sources historiques suggérant que la maladie sévissait dans les sociétés humaines depuis l’Antiquité, à l’époque où les pharaons régnaient.
Les progrès des technologies de séquençage génétique ont permis aux chercheurs d’entreprendre des analyses de plus en plus détaillées sur des fragments d’ADN viral ancien ces dernières annéesles rapprochant peu à peu de savoir où et quand la variole est apparue.
Grâce à une trouvaille en Lituanie en 2016, des scientifiques ont retracé la variole dès les années 1500 en utilisant de l’ADN viral prélevé sur les restes d’un jeune garçon. En 2020, l’ADN viral des squelettes de l’ère viking a repoussé les preuves génétiques de la dernière émergence de la variole de quelques années encore, jusqu’à un certain temps avant 1050 de notre ère.
Cependant, les archives historiques ont suggéré que quelque chose comme la variole affligeait les sociétés anciennes encore plus tôt que cela. Des descriptions de symptômes ressemblant à ceux de la maladie ont été trouvées dans des textes chinois du IVe siècle, et des momies égyptiennes avec des cicatrices de pockmark suggèrent également que la variole circulait il y a environ 3 000 à 4 000 ans.
Mais les preuves génétiques définitives – semblables à l’empreinte moléculaire d’un virus – pour étayer cette théorie ont été difficiles à trouver.
Les scientifiques peuvent encore en déduire beaucoup sur le passé d’un virus et son histoire évolutive lorsqu’ils ont suffisamment d’échantillons à comparer. Ils peuvent voir comment un virus a changé au fil du temps et déterminer à quelle vitesse ou à quelle vitesse un virus capte les mutations génétiques. À partir de là, les scientifiques peuvent remonter «l’horloge moléculaire» pour estimer quand une version ancestrale du virus a probablement existé.
Dans le cas de la variole, la maladie est causée par le virus de la variole ou VARV. Dans cette nouvelle étude, le bioinformaticien Diego Forni de l’Institut scientifique de recherche, d’hospitalisation et de soins de santé (IRCCS) en Italie a conduit une équipe à revoir les séquences génétiques de 54 échantillons de VARV, extraits d’ouvrages précédemment publiés ou d’une base de données de recherche.
Cela comprenait quatre anciens génomes de VARV de l’ère viking et deux génomes de VARV historiques des 17e et 18e siècles, ainsi que 48 séquences de VARV modernes datant d’avant l’éradication de la variole en 1980.
À l’aide de cet ensemble de séquences virales, les chercheurs ont reconstitué l’histoire évolutive du virus de la variole, montrant comment il s’est ramifié à partir d’un seul ancêtre commun en différentes souches qui se sont soit propagées dans le monde, soit se sont éteintes.
Dans leurs modèles, ils ont ajusté la façon dont le taux d’évolution virale semble ralentir lorsqu’on examine des périodes plus longues et s’accélérer sur des périodes plus courtes. L’ancêtre commun le plus récent de tous les génomes du VARV, ont-ils découvert, remonte à environ 3 800 ans ou plus tôt.
En comparant les séquences du VARV à celles de deux orthopoxvirus apparentés – le taterapox (qui infecte les gerbilles) et le camelpox – l’analyse a également montré que l’ancêtre du virus de la variole s’est séparé de ses parents il y a environ 7 700 ans.
Cela laisse encore une fenêtre assez large sur le moment où la variole pourrait s’être propagée aux humains, il y a environ entre 8 000 et 4 000 ans, selon les chercheurs. Mais même ainsi, cela ajoute aux preuves suggérant que la variole est avec nous depuis des millénaires de plus que les analyses précédentes d’échantillons d’ADN viral ne l’avaient suggéré.
“Le virus de la variole est peut-être beaucoup, beaucoup plus ancien que nous ne le pensions”, déclare Forni. “C’est important car cela confirme l’hypothèse historique selon laquelle la variole existait dans les sociétés anciennes.”
Bien que ces nouvelles estimations de datation placent la variole dans le bon laps de temps pour correspondre aux récits historiques de pharaons égyptiens portant des cicatrices de variole, un certain scepticisme demeure quant à savoir si la maladie était répandue à l’époque, car les documents écrits contemporains contiennent peu de mentions de symptômes de type variole.
“Un certain nombre d’autres maladies infectieuses provoquent une éruption cutanée similaire à la variole et seul le séquençage des spécimens archéologiques fournira des informations sur les sociétés anciennes qui ont été touchées par la maladie”, concluent Forni et ses collègues dans leur article.
L’étude a été publiée dans Microbial Genomics.
