La capacité des agents pathogènes humains à développer une résistance aux antibiotiques constitue une grave menace pour la santé publique, mais ce n’est probablement pas nouveau pour vous.
Même les personnes sans utilisation récente d’antibiotiques ont des souches d’agents pathogènes plus résistantes aux antibiotiques dans les pays à forte utilisation d’antibiotiques que les personnes en bonne santé dans les pays où l’utilisation d’antibiotiques est relativement faible.
Des recherches récentes de l’Institut Earlham et de l’Institut Quadram au Royaume-Uni en collaboration avec une équipe internationale de scientifiques suggèrent que toutes les bactéries et autres micro-organismes qui s’installent dans et sur le corps humain peuvent être une source de résistance aux antibiotiques.
Et vous pourriez être surpris d’apprendre que l’utilisation d’antibiotiques parmi les personnes qui vous entourent semble vous affecter directement.
“Même un individu en bonne santé, qui n’a pas pris d’antibiotiques récemment, est constamment bombardé par des microbes provenant de personnes ou d’animaux de compagnie avec lesquels il interagit, ce qui peut entraîner l’intégration de gènes de résistance dans son propre microbiote”, déclare Earlham Institute et Institut Quadram l’écologiste microbien Chris Quince.
“S’ils existent dans une population avec un lourd fardeau de consommation d’antibiotiques, cela conduit à plus de gènes de résistance dans leur microbiome.”
Lorsque des antibiotiques sont utilisés pour lutter contre l’infection, ils ont l’effet secondaire malheureux d’endommager le microbiome de l’hôte et d’augmenter également la prévalence des gènes de résistance transmis entre différentes souches de microbiome.
Les études sur le thème de la résistance aux antimicrobiens (RAM) se sont concentrées principalement sur le degré de résistance observé chez les microbes qui causent des infections chez l’homme. Mais les microbes sont omniprésents dans le corps humain, et la grande majorité sont inoffensifs, et beaucoup sont bénéfiques.
En raison de la facilité avec laquelle les gènes résistants aux antibiotiques sont transmis, l’utilisation d’antibiotiques peut avoir un effet sur l’ensemble du microbiome, et pas seulement sur les agents pathogènes censés être tués. Le résistome – la collection de gènes de résistance présents dans le microbiote commensal – est donc un sujet de recherche important.
“Nos corps importent et exportent continuellement des microbes et des souches pathogènes”, explique Quince.
“Ces souches transmettent elles-mêmes des gènes dans les deux sens, ce qui signifie que le défi de la résistance aux antimicrobiens doit être relevé à la fois au niveau micro et macro.”
Alors que l’ensemble du microbiome joue un rôle dans la santé et la maladie, le microbiome intestinal est particulièrement important avec des fonctions de digestion et de formation du système immunitaire. Le tube digestif d’un être humain est un véritable paradis pour des millions de différents types de microbes, en hébergeant plus que partout ailleurs dans le corps.
Les auteurs de l’étude ont donc émis l’hypothèse que les microbes vivant dans l’intestin pourraient contribuer de manière significative à la résistance aux antimicrobiens.
Le groupe a analysé 3 096 échantillons de microbiome intestinal de personnes dans 14 pays différents pour en savoir plus sur les effets des antimicrobiens sur le microbiome intestinal, en mettant l’accent sur des échantillons de personnes qui n’étaient pas susceptibles de prendre des antibiotiques afin d’obtenir un “nettoyage”. profil génétique du microbiote intestinal.
Afin d’apprendre comment les gènes AMR sont transférés d’un microbe à un agent pathogène, les chercheurs ont effectué des comparaisons minutieuses entre les données des échantillons et la base de données complète sur la résistance aux antibiotiques, une ressource de santé publique où les gènes de résistance sont documentés.
Des recherches antérieures ont déjà établi qu’il existait des différences notables dans les profils des gènes de résistance aux antimicrobiens (ARG) dans différents pays avec suffisamment de données disponibles à l’époque.
Et cette fois, en étudiant des personnes qui ne prenaient pas d’antibiotiques, l’équipe a découvert deux tendances distinctes.
Ils ont trouvé deux groupes, ou profils de résistomes, de types d’ARG dans le microbiome intestinal, et ils ont constaté que l’abondance et la diversité médianes totales d’ARG variaient en fonction du niveau de consommation d’antibiotiques dans ce pays.
“Nous avons constaté que, dans les pays où les antibiotiques sont pris plus régulièrement, leurs populations ont également un plus grand nombre de gènes de résistance dans leur microbiome intestinal”, explique Quince.
Les liens étaient remarquablement forts. Ainsi, l’utilisation généralisée d’antibiotiques peut entraîner la prévalence des ARG dans l’ensemble de la population, et pas seulement parmi les personnes directement exposées, et ces ARG peuvent se propager dans tout le microbiote.
Les chercheurs suggèrent que d’autres études pourraient se concentrer sur l’étude de cela dans plus de pays et sur les stratégies de santé publique.
Selon les recherches, la résistance aux antimicrobiens tue des milliers d’Européens chaque année et ne fera qu’empirer à l’avenir. De manière alarmante, la troisième cause de décès dans le monde en 2019 était la RAM, responsable de 4,95 millions de décès.
“Cette étude est si importante car elle peut, pour la première fois, quantifier l’impact de l’utilisation nationale d’antibiotiques sur nos bactéries commensales, ainsi que nous donner un aperçu des types courants de résistance que nous pouvons nous attendre à évoluer”, déclare Institut Earlham et Institut Quadram bioinformaticien microbien Falk Hildebrand.
La recherche a été publiée dans Nature Communications.
