Nos corps sont constitués d’environ 30 000 milliards de cellules humaines, mais ils hébergent également environ 39 000 milliards de cellules microbiennes. Ces communautés grouillantes de bactéries, de virus, de protozoaires et de champignons dans nos intestins, dans notre bouche, sur notre peau et ailleurs – collectivement appelées le microbiome humain – ne se composent pas seulement de parasites et d’agents pathogènes cachés. Au lieu de cela, comme les scientifiques l’apprécient de plus en plus, ces microbes forment des écosystèmes essentiels à notre santé. Un nombre croissant de recherches vise à comprendre comment les perturbations de ces systèmes délicats peuvent nous priver des nutriments dont nous avons besoin, interférer avec la digestion de nos aliments et éventuellement déclencher des afflictions de notre corps et de notre esprit.
Mais nous en savons encore si peu sur notre microbiome que nous commençons à peine à répondre à une question bien plus fondamentale : d’où viennent ces microbes ? Peuvent-ils se propager à partir d’autres personnes comme un virus du rhume ou un insecte gastrique ?
Aujourd’hui, l’analyse la plus vaste et la plus complète de la transmission du microbiome humain a fourni des indices importants. Des recherches menées par des génomiques de l’Université de Trente en Italie ont trouvé des indices selon lesquels les organismes du microbiome sautent abondamment entre les gens, en particulier parmi ceux qui passent beaucoup de temps ensemble. Les résultats, publiés en janvier dans Nature, comblent d’importantes lacunes dans notre compréhension de la façon dont les gens assemblent leurs microbiomes et les reformulent tout au long de leur vie.
D’autres scientifiques ont applaudi l’étude. Jose Clemente Litran, professeur agrégé de génétique et de sciences génomiques à la faculté de médecine Icahn du mont Sinaï, a salué le travail comme “remarquable” et a déclaré qu’il fournissait la première mesure claire du partage auquel s’attendre entre les membres de la famille ou ceux qui vivent ensemble.
L’étude alimente également des spéculations intrigantes quant à savoir si les microbes peuvent augmenter ou réduire nos risques de maladies comme le diabète ou le cancer, et ainsi apporter une dimension transmissible à des maladies qui ne sont généralement pas considérées comme contagieuses. Pour Brett Finlay, professeur de microbiologie à l’Université de la Colombie-Britannique qui a écrit un commentaire pour Science en 2020 sur cette possibilité, les découvertes « mettent le dernier clou dans le cercueil que les maladies non transmissibles ne devraient peut-être pas être appelées ainsi ».
Diversité insondable
Les microbiomes sont comme des empreintes digitales : si divers que deux personnes ne peuvent pas en avoir des identiques. Ils sont également incroyablement dynamiques – ils grandissent, rétrécissent et évoluent tellement tout au long de la vie d’une personne que le microbiome d’un bébé sera radicalement différent au moment où il grandira. Une poignée d’espèces microbiennes se trouvent chez plus de 90 % des personnes dans les sociétés occidentalisées, mais la plupart des espèces se trouvent chez 20 à 90 % des personnes. (Même Escherichia coli, qui est probablement la seule bactérie intestinale que la plupart des gens pourraient nommer, n’atteint pas 90 % de fréquence.) Des études suggèrent que les sociétés non occidentalisées ont une diversité encore plus grande de microbes et des microbiomes plus variables.
Au sein d’une population, deux individus choisis au hasard ont généralement moins de la moitié de leurs espèces de microbiome en commun – en moyenne, le chevauchement de la composition microbienne de l’intestin se situe entre 30 et 35 %. Les microbiologistes se demandent s’il existe un ensemble « essentiel » d’espèces microbiennes que possèdent toutes les personnes en bonne santé, mais s’il existe, il s’agit probablement d’un pourcentage à un chiffre du total.
Déterminer la fréquence à laquelle les microbes passent entre les personnes est cependant un problème beaucoup plus redoutable que la recherche d’espèces. Une seule espèce peut être composée de nombreuses souches différentes ou variantes génétiques. Les chercheurs doivent donc être en mesure d’identifier les souches individuelles en examinant les gènes dans les échantillons de microbiome. Et dans un microbiome humain, entre 2 et 20 millions de gènes microbiens uniques peuvent être présents, les microbes remaniant constamment leurs gènes, mutant et évoluant.
