Il y a toutes sortes de bactéries vivant dans notre intestin, contribuant aux processus sains (ou malsains) qui se déroulent à l’intérieur de notre corps, mais il s’avère que nous avons perdu beaucoup de microbes que nous partagions autrefois avec nos anciens ancêtres primates.
En examinant le matériel génétique dans les intestins des chimpanzés modernes (Pan troglodytes troglodytes et P. t. Schweinfurthii) et des bonobos (P. paniscus), les chercheurs ont retracé les lignées de leurs bactéries intestinales sur des millions d’années, avant de les comparer avec les microbes. qui vivent maintenant dans les êtres humains et les singes africains (nos plus proches parents évolutifs).
L’analyse a montré que de nombreux types de bactéries intestinales de primates ont évolué au cours de cette période, y compris chez l’homme, mais qu’un nombre important de bactéries qui ont évolué (ou “co-diversifiés”) avec leurs hôtes ont été perdues chez Homo sapiens.
“Il s’agit de la première étude à l’échelle du microbiome montrant qu’il existe un grand nombre de bactéries ancestrales co-diversifiantes qui cohabitent chez les primates et les humains depuis des millions d’années”, déclare le biologiste évolutionniste Andrew Moeller de l’Université Cornell à New York.
L’équipe a examiné 9 640 métagénomes de primates humains et non humains, essentiellement des collections de matériel génétique de la bactérie. Ils révèlent quels micro-organismes sont présents dans un échantillon et en quelle quantité.
Ces métagénomes ont été utilisés pour identifier les clades de microbes (groupes issus d’un ancêtre commun) partageant une histoire évolutive avec les singes africains. Les données ont montré que 44 % de ces clades manquaient chez les humains dans l’ensemble, et 54 % chez les populations humaines industrialisées.
Cela se compare à seulement 3% des clades bactériens chez les singes africains mais pas chez les humains si vous ne regardez que ceux qui n’ont pas évolué à partir d’ancêtres primates éloignés. Les groupes co-diversifiés de bactéries ont en quelque sorte été perdus chez les êtres humains au cours des millénaires.
Les bactéries primates ont été retracées pendant des millions d’années. (Sanders et al., Nature Microbiology, 2023)
Cette étude n’a pas examiné de près pourquoi cela pourrait être, mais le régime alimentaire est susceptible de jouer un rôle. Ce que nous mangeons a un impact important sur les bactéries intestinales, et les humains se seraient éloignés des fruits et des feuilles pour se tourner vers les graisses et les protéines animales assez tôt dans leur histoire en tant qu’espèce.
“L’idée de travail est que les pertes que nous constatons dans toutes les populations humaines, quel que soit leur mode de vie, étaient probablement dues à des changements alimentaires qui se sont produits au début de l’évolution humaine depuis que nous avons divergé des chimpanzés et des bonobos”, explique Moeller.
Les chercheurs affirment que les études futures devraient porter sur un plus grand nombre de bactéries intestinales humaines, en particulier dans différentes régions. Une hypothèse est que la différence entre les populations industrialisées pourrait être due aux régimes alimentaires et aux médicaments modernes.
Qu’il s’agisse de vivre plus longtemps ou d’être plus à risque d’obésité, le mélange de bactéries que nous transportons avec nous peut faire basculer notre santé dans un sens ou dans l’autre. Comprendre comment ces microbes évoluent dans le temps est donc extrêmement important.
Bon nombre des mêmes auteurs ont également travaillé sur une étude connexe chez la souris, analysant comment les bactéries intestinales indigènes ont de meilleures chances de survie que les bactéries non indigènes, offrant quelques indices sur la façon dont ces micro-organismes évoluent avec leurs hôtes.
“Notre étude montre que les microbiotes des souris domestiques présentent des avantages compétitifs par rapport aux microbiotes d’hôtes qui ont divergé des souris domestiques il y a moins de 10 millions d’années, ce qui est cohérent avec l’adaptation locale du microbiote sur des échelles de temps évolutives relativement courtes”, écrivent les chercheurs dans la deuxième étude.
La recherche a été publiée dans Nature Microbiology et Science Advances.
